高溫悶棚是一個改善土壤的機會，讓土地更加的肥沃能夠更好的種植作物，我們可以配和施加肥料與高溫悶棚一起。具體措施如下：
首先是利用夏季大棚休閑期高溫悶棚，殺滅棚室中的病原菌。其操作如下：
1.干悶與濕悶結合：前茬蔬菜拉秧后或準備拉秧時，直接將棚室密閉，殺死土壤、立柱、墻體表層的病菌和蟲卵。7-10天后進行濕悶。濕悶時，必須深翻土壤25-30厘米。若不深翻而單采用旋耕機翻地，會造成、殺蟲范圍小，土壤深層耕作層的病菌和線蟲得不到防治，因而悶棚效果差。并且，翻地后要大水漫灌，覆蓋地膜，充公利用水的導熱性高于土的特點，保證土壤耕作層達到更高的溫度。
2.全棚密閉，悶棚15-20天：全棚密閉不僅是將棚室放風口關嚴，而且棚室地面還要覆蓋地膜。很多菜農就是因為不覆蓋地膜，而使土壤溫度達不到，因而高溫悶防治病菌效果較差。連續(xù)曝曬15天，其中至少要有連續(xù)晴好天氣5天。這與全棚密閉的作用是一樣的，主要是為了提高棚內的溫度和棚室土壤的溫度。這樣，棚溫達到 70-80℃，土溫達到60℃。若悶棚時間不足，棚內溫度達不到，效果差。
高溫悶棚也可結合石灰氮（氰氨基鈣）一起使用。