生物菌和生物菌肥適宜應(yīng)用在經(jīng)溴甲烷熏蒸過(guò)的菜地上，蔬菜根部病害嚴(yán)重時(shí)經(jīng)溴甲烷熏蒸可以消毒，殺滅土壤中的病原菌。能使蔬菜根部的土傳病害問(wèn)題短期內(nèi)能得以“解決”，但也存在問(wèn)題，那就是還會(huì)復(fù)發(fā)，究其原因是溴甲烷熏蒸過(guò)的土壤中的病原菌和其它雜菌，包括有益菌都會(huì)被殺滅，會(huì)形成無(wú)菌狀態(tài)，但無(wú)菌狀態(tài)不會(huì)永遠(yuǎn)保持下去。菜農(nóng)的操作管理，如整地、澆水、施肥，以及定植苗木等活動(dòng)，都會(huì)把病原菌和其它微生物重新引入土壤中。所以，很多菜農(nóng)都有熏過(guò)溴甲烷后又重新有爛根死棵出現(xiàn)的經(jīng)歷。解決這個(gè)問(wèn)題的辦法是，溴甲烷殘氣散盡后，使用生物菌肥或生物菌，先以這些有益菌去占領(lǐng)無(wú)菌狀態(tài)的土壤。首先占領(lǐng)是很重要的，因?yàn)闊o(wú)菌狀態(tài)的“空白”不會(huì)長(zhǎng)時(shí)間存在，雜菌會(huì)逐步回到熏蒸過(guò)的土壤中。包括根腐病菌都會(huì)卷土重來(lái)。但先在無(wú)菌的土壤中施入有益的生物菌和生物菌肥后，有益菌會(huì)很快繁殖成為蔬菜根際附近的有益優(yōu)勢(shì)菌群落，就能拮抗病原菌的重新侵入和繁殖，從而維持了蔬菜根系不被病原菌侵染。這種作用鞏固了溴甲烷熏蒸土壤的效果，從道理上講可以使這種效果無(wú)限期延長(zhǎng)。起碼可以延長(zhǎng)多年。這就是為什么同是熏用溴甲烷，防爛根和死棵時(shí)有效時(shí)間不同的原因。有人說(shuō)是一年，有人說(shuō)是兩年，有人說(shuō)是多年有效。無(wú)疑在用溴甲烷熏棚后，接著應(yīng)用生物菌和生物菌肥鞏固效果，才能使防治根腐病達(dá)到水平。

溴甲烷熏蒸土壤后應(yīng)用生物菌或生物菌肥的方式很多，可以用生物菌液蘸蔬菜根用或把苗盤(pán)濕透用，也可以先把生物菌肥施入土壤再定植苗木，還可灌根使用。

根部病害輕或無(wú)根部病害的菜地，也可不用熏溴甲烷，而直接用生物菌或生物菌肥防治這些病害。

使用純的生物菌要預(yù)先加入營(yíng)養(yǎng)豐富的草炭、麩皮、糖等，先養(yǎng)菌擴(kuò)大數(shù)量后再用。如果用作拌種可直接應(yīng)用。

應(yīng)用生物菌肥不宜太看重解磷解鉀作用。一則這種“解”遠(yuǎn)不能滿(mǎn)足蔬菜生產(chǎn)的數(shù)量需要。二是在我國(guó)北方大部分地區(qū)土壤較瘠薄，依靠解是無(wú)源之水。應(yīng)看作“解”有益，但不能為此而依賴(lài)這種“解”只用生物菌來(lái)解決肥的短缺。

應(yīng)用生物菌或生物菌肥要始終使用一種，不宜多種同時(shí)用，也不應(yīng)經(jīng)常更換不同種類(lèi)。恰恰相反，在使用過(guò)程中應(yīng)注意補(bǔ)充新的菌液或菌肥，如基肥中用過(guò)后，可多次追同一種生物菌肥，以壯大菌群，提高防效。

施加過(guò)生物菌或生物菌肥應(yīng)注意通常無(wú)須再施殺菌劑。畢竟生物菌也是菌，應(yīng)用后生物菌可能被殺。但如果有益菌是細(xì)菌則應(yīng)用百菌清、多菌靈等影響很小，如果有益菌是××桿菌，則菌種屬細(xì)菌，細(xì)菌對(duì)銅制制劑敏感。殺菌劑中的銅制劑影響很大，就不要應(yīng)用。而有些有益菌如毛殼菌則能抗殺菌劑，不必忌用，顯然這是種例外了。